Im November jedes Jahres führt HSGYM die halbtägigen HSGYM-Herbsttagungen der Fachkonferenzen durch, an denen sich die 21 Kerngruppen und Fachkonferenzen treffen. Vor den Fachkonferenzen findet jeweils eine gemeinsam Plenarversammlung mit einem "Dialog an der Schnittstelle" statt. Die Herbsttagungen stellen die zentralen Vernetzungsanlässe von HSGYM dar.

Alle drei Jahre führt HSGYM zusätzlich ganztägige HSGYM-Hochschultage der Mittelschulen durch. Diese finden alternierend an ETH oder UZH statt. Am Morgen versammeln sich die Teilnehmenden aller Fachgebiete, um sich gemeinsam einem aktuellen Thema zu widmen. Am Nachmittag findet jeweils das traditionelle "Coming Home" statt, an dem Seminare und Institute der Universität Zürich, der ETH Zürich und der ZHdK fachspezifischen Programme in den Räumlichkeiten der jeweiligen Institute und Seminare anbieten. Dies ermöglicht vielen Teilnehmenden, für einen halben Tag an den Ort ihres Studiums zurückzukehren.

In den Jahren, in denen kein HSGYM-Hochschultag stattfindet, laden die drei Fachhochschulen ZHAW, PHZH und ZHdK jeweils alternierend zu eigenen, halbtägigen HSGYM-Fachhochschultagen.
 

Mitte Mai jedes Jahres treffen sich die Kerngruppen zur Konferenz der Kerngruppenleitungen.