Das Maturitätsanerkennungsreglement (MAR) von 1995 und der 1999 startende Bolognaprozess führten im Kanton Zürich um die Jahrtausendwende zu einer zunehmenden Entfremdung zwischen den Mittel- und den Hochschulen. Um dieser Entwicklung entgegenzuwirken, wurde 2006 auf Initiative der Schulleiterkonferenz (SLK) und der Lehrpersonenkonferenz (LKM) der Zürcher Mittelschulen und mit Unterstützung der Hochschulen das Pionierprojekt HSGYM lanciert. In der Gründungsversammlung an der Kantonsschule Enge versammelten sich im Januar 2006 gegen 500 Zürcher Mittelschullehrpersonen und Hochschuldozierende und machten sich auf den Weg, den Übergang vom Gymnasium an die Hochschulen gemeinsam zu verbessern.

2008 erlangte HSGYM mit der Erarbeitung und Publikation von über 200 konkreten Empfehlungen zur Optimierung der Schnittstelle nationale und sogar internationale Aufmerksamkeit. Viele der damaligen Vorschläge haben sich in der Zwischenzeit sichtbar auf die Schul- und Hochschulentwicklung ausgewirkt. Das wichtigste Ziel von HSGYM war und ist aber die Pflege des Dialoges zwischen den Hochschulen und den Gymnasien. Dazu hat sich HSGYM von der ursprünglichen Initiative zu einer stabilen Plattform institutionalisiert.